Après quelques années d’existence sous le gouvernement de Vichy qui l’instaure en 1941, la préfecture de région est supprimée en 1946.

Dans les années 1950 naissent les « programmes d'action régionale ». Des circonscriptions régionales sont créées pour mettre en œuvre ces programmes (ce sont les ancêtres des régions actuelles). A l'intérieur de chaque circonscription régionale, un préfet de département est désigné pour « présider des conférences interdépartementales ayant pour objet d'étudier et de coordonner les mesures d'application des programmes d'action régionale et d'aménagement du territoire et, d'une manière générale, de la politique économique du Gouvernement » (décret du 7 janvier 1959).

Il faut cependant attendre un décret du 14 mars 1964 pour que soient réellement institués les préfets de région.

Ce préfet, qui est celui du département chef-lieu de région, prépare et exécute la tranche régionale du plan de développement économique et social et exerce une autorité hiérarchique sur les chefs des services extérieurs de l’État. Une « mission régionale » (futur secrétariat général pour les affaires régionales – SGAR) l’assiste, petite équipe de chargés de mission recrutés dans les différents corps de l’administration. Le préfet de région est assisté d’une conférence administrative régionale (CAR), qu’il préside, composée des préfets de département et des chefs de services déconcentrés régionaux de l'État.

Suite à l'Acte I de la décentralisation (2 mars 1982), les régions deviennent des collectivités territoriales de plein droit, ce qui implique un transfert du pouvoir exécutif, une clause générale de compétence et surtout la suppression de la tutelle préfectorale. Cette dernière est remplacée par un simple contrôle de légalité (a posteriori) sur les actes des collectivités territoriales. Ainsi, le contrôle de légalité fait partie des missions exercées par le préfet de région (que le décret n°82-390 du 10 mai 1982 définit).

Le rôle du préfet de région a été renforcé à plusieurs reprises. Ainsi le décret n°2004-374 du 29 avril 2004, qui donne au préfet de région un rôle de coordination et d’animation de l’action des préfets de département, a été modifié par le décret n° 2010-146 du 16 février 2010 qui attribue de surcroît au préfet de région le droit d'évocation de tout ou partie d'une compétence à des fins de coordination régionale (le préfet de région peut donc prendre des décisions en lieu et place des préfets de département).

À partir de la circulaire du 4 décembre 2013, il devient en outre le responsable unique des budgets opérationnels de programme (RBOP) gérés par les services placés sous son autorité, ce qui a conforté son rôle de pilotage dans la gestion des crédits. Enfin, le décret n° 2015-510 du 7 mai 2015 portant charte de la déconcentration introduit la possibilité pour le préfet de région de proposer des mutualisations nécessaires à un meilleur fonctionnement des services déconcentrés, ou au contraire des dérogations aux dispositions règlementaires afin notamment de tenir compte des spécificités locales.

La réforme territoriale de 2015 réduit le nombre de régions, et donc de préfectures de région.

L'Office national interprofessionnel des oléagineux, protéagineux et cultures textiles (ONIOL) est créé en 1999par transformation de la Société interprofessionnelle des oléagineux, protéagineux et cultures textiles (SIDO) en office. Les missions de la SIDO sont transférées en totalité à l'Office.
Le 1er juin 2006, l'ONIOL est définitivement supprimé et ses missions sont transférées à l'Office interprofessionnel des grandes cultures (ONIGC) à la date de création de ce dernier. L’ONICG rassemble également le Fonds d’intervention et de régularisation du marché du sucre (FIRS) et l'Office national interprofessionnel des céréales (ONIC).

Les circonscriptions pénitentiaires ont longtemps été de simples divisions territoriales organisées en fonction des maisons centrales. Jusqu’en 1944, les directeurs de maisons centrales étaient directeurs des circonscriptions pénitentiaires. La loi et le décret du 31 janvier 1944 créent 18 régions pénitentiaires avec des organes administratifs autonomes. Cette nouvelle organisation est reprise par l’ordonnance du 22 novembre 1944, avec l’ajout d’une dix-neuvième circonscription (celle de Strasbourg). Le décret du 16 juillet 1948 réduit le nombre de circonscriptions aux neuf directions régionales (Paris, Bordeaux, Dijon, Lille, Lyon, Marseille, Rennes, Strasbourg, Toulouse).

Les DIRECCTE sont nées de la fusion des 9 organismes suivants :

1. directions régionales et départementales de l’emploi, du travail et de la formation professionnelle (DDTEFP, DRTEFP),
2. divisions développement industriel (DDI) et services métrologie des DRIRE,
3. mission concurrence des directions régionales de la concurrence, de la consommation et de la répression des fraudes (DRCCRF),
4. délégations régionales du tourisme (DRT),
5. directions régionales du commerce et artisanat (DRCA),
6. directions régionales du commerce extérieur (DRCE),
7. chargés de mission régionaux à l'intelligence économique (CRIE)

Les premières DIRECCTE ont vu le jour début 2009.
Depuis le 15 février 2010, des DIRECCTE sont créées dans toutes les régions en métropole, et le 1er janvier 2011 en outre-mer.

En 1959, dans un contexte politique marqué par la création des régions administratives françaises, le ministère des Affaires culturelles est créé pour assurer la mission de l’État de démocratisation de la culture. Pour poser les jalons de la déconcentration, son ministre, André Malraux, créé dans chaque région, par la circulaire du 23 février 1963, un comité régional des affaires culturelles dont l'un des membres exerce la fonction de correspondant permanent avec l’État. Ces actions sont renforcées par la création d'un bureau de la programmation et de l'action régionale au sein de l'administration générale entérinée par l'arrêté du 12 mars 1964. En 1969, André Malraux adresse une lettre de missions aux trois premiers « directeurs des affaires culturelles » en Alsace, en Rhône-Alpes et en Pays-de-la-Loire. Les années qui suivent sont marquées par la création progressive de directions régionales des affaires culturelles dans chaque région de France. La premier directeur régional de Lorraine prend ses fonctions en 1976. La généralisation des DRAC à toutes les régions est entérinée sous Françoise Giroud par le décret 77-115 du 3 février 1977. Dans les départements d'outre-mer, elles prennent le nom de direction des affaires culturelles (DAC).
La déconcentration des services de l’État, opérée par la loi du 6 février 1992 organisant l'administration territoriale de la République, introduit le principe de subsidiarité et, par conséquent, renforce les capacités d'action et d'intervention des DRAC sur leur circonscription.

La DREAL est issue de la fusion de trois services régionaux (les directions régionales de l'environnement (DIREN), les directions régionales de l'équipement (DRE), les directions régionales de l'industrie, de la recherche et de l'environnement (DRIRE)), dont les objectifs sont une cohérence et une légitimité renforcées vis-à-vis des acteurs du développement durable, ainsi qu'un pilotage unique des politiques du ministère du Développement durable en région, et particulièrement celles liées au Grenelle de l'environnement. La DREAL reprend les missions de ces services hormis le développement industriel et la métrologie.

Instaurées par le décret du 14 janvier 1988, les directions régionales de la PJJ ont été remplacées, en application du décret du 9 juillet 2008, réorganisant le ministère de la Justice et des Libertés, par les directions interrégionales de la PJJ.

Créée et régie par le décret 2008-1406 du 19 décembre 2008. Elle se substitue à la Direction régionale de l’agriculture et de la forêt (DRAF) créée par décret du 28 décembre 1984 suite aux lois de décentralisation et de déconcentration de 1982. La DRAAF est un service déconcentré du ministère de l’agriculture et l’alimentation qui a pour mission l’animation et la mise en œuvre au niveau régional de la politique définie par L’État et l’Union européenne en matière d’alimentation, d’agriculture et de forêts.

Créées par décret du 28 décembre 1984, dans la logique des lois de décentralisation et de déconcentration de 1982, les directions régionales de l’agriculture et de la forêt ont pour mission de mettre en œuvre, sous l'autorité du préfet de région, la politique nationale de développement de l'agriculture et de la forêt. Elles reprennent les missions antérieurement dévolues aux :

• services de l’ingénieur général du Génie rural, des eaux et des forêts (GREF), chargé de région,
• service régional de la production et des industries agricoles (SERPIA),
• atelier régional d’études économiques et d’aménagement rural (AREEAR),
• service régional d’aménagement forestier (SRAF) ,
• service régional de la statistique agricole (SRSA),
• service régional d’aménagement des eaux (SRAE),
• service de l’ingénieur général d’agronomie,
• chargé de région,
• circonscriptions phytosanitaires,
• directions régionales du travail et de la protection sociale agricole,
• circonscriptions des haras.
  Le service régional de l’aménagement des eaux (SRAE) est transféré en 1991 à la direction régionale de l’environnement créée la même année. Le service régional des Haras (SRH) est fusionné en 2000 pour créer les Haras nationaux, établissement public à caractère administratif.
  Les DRAF sont remplacées par les directions régionales de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt (DRAAF), créées et régies par le décret n° 2008-1406 du 19 décembre 2008.

La loi du 21 janvier 1942 crée les circonscriptions des antiquités. L'arrêté du 14 février 1942 délimite ces circonscriptions qui sont divisées en deux spécialités : préhistoriques et historiques. Un directeur des antiquités est placé à la tête de chaque circonscription. Les directeurs sont appelés directeurs régionaux.
Le décret-ordonnance du 13 septembre 1945 validé par le gouvernement de la libération abroge la loi du 21 janvier 1942. Il confirme également la création des directeurs des antiquités et modifient le découpage des circonscriptions. Il y a à ce moment là 12 circonscriptions pour les antiquités historiques et 19 pour les antiquités historiques.
Entre 1947 et 1956, le découpage des circonscriptions n'était pas le même pour les circonscriptions des antiquités préhistoriques et celles des antiquités historiques. Le nombre de circonscription et leur étendue sont modifiés par deux arrêtés. Le premier est celui du 8 février 1957 qui fixe de nouvelles délimitations. Le second du 22 mars 1957 donne la nomination des directeurs des antiquités.
Les directions des antiquités sont réunies en 1977 avec les autres services patrimoniaux au sein des Directions régionales des affaires culturelles (DRAC). En 1991, des Services régionaux de l’archéologie (SRA) sont créés, par fusion des directions des antiquités historiques et des directions des antiquités préhistoriques.