Les 26 chambres régionales des comptes (22 en métropole et 4 outre-mer pour la Guadeloupe, la Martinique, la Guyane et La Réunion) ont été créées par la loi du 2 mars 1982, dite « loi de décentralisation », qui instaurait un contrôle a posteriori des comptes et de la gestion, impartial et indépendant des collectivités à contrôler et lui-même décentralisé en région. Ce contrôle, assuré par des magistrats, sur le modèle de la Cour des comptes, complétait la substitution du contrôle de légalité à l'exercice de l'ancienne tutelle de l'autorité préfectorale sur les actes des collectivités locales et s'adaptait aussi à l'accroissement des compétences de ces collectivités. Les premiers présidents furent nommés le 23 décembre 1982, suivis, le 1er juin 1983, des onze premiers magistrats et, le 27 juillet 1983, de conseillers. Les effectifs ne furent réellement satisfaisants qu'à partir de 1986. Depuis le début des années 1990, les chambres régionales se sont enracinées dans le paysage institutionnel local, notamment par le renforcement de la publicité donnée à leurs observations définitives. Leurs compétences et les conditions de leur exercice ont été progressivement ajustées. Il faut en particulier citer le principe, posé en 1990, de la communication des observations définitives par l'exécutif d'une collectivité territoriale à son assemblée délibérante et la possibilité, depuis 1992, pour le préfet et les autorités territoriales, de demander aux chambres de procéder à des vérifications. À la suite de décisions du juge de cassation et de la Cour européenne des droits de l'homme, les juridictions financières ont dû donner de nouvelles garanties en faveur de leurs justiciables, pour satisfaire aux exigences d'impartialité objective (loi du 21 décembre 2001).
Six chambres territoriales des comptes ont été instituées ultérieurement : Nouvelle-Calédonie (1988), Polynésie française (1990), Mayotte-Saint-Barthélémy, Saint-Martin et Saint-Pierre-et-Miquelon (2007).