À la Révolution, l'organisation judiciaire complexe issue de l'Ancien Régime est simplifiée et rationalisée. La justice pénale, qui s'appuyait jusque-là sur l'Ordonnance criminelle de 1670 (dite de Colbert), est réorganisée par les lois du 20 janvier, 19 juillet et 16 septembre 1791 tandis qu'en octobre de la même année, le premier Code pénal établit une classification des délits et des peines. Le tribunal criminel départemental est créé ; en 1804, il disparaît au profit de la Cour de justice criminelle, elle-même remplacée par la Cour d'assises en 1810.

En 1964, André Malraux et André Chastel créent une commission nationale chargée de préparer l'établissement de l'inventaire général des monuments et des richesses artistiques de la France. L'Inventaire général est destiné à recenser et décrire les constructions présentant un intérêt culturel et l'ensemble des œuvres et objets d'arts créés ou conservés en France depuis les origines. La commission nationale peut proposer la création de commissions locales, dont les présidents sont nommés par arrêté du ministre de la Culture. Ces Commissions régionales sont supprimées dès 1982, suite à la décentralisation. Dès lors, les Directions régionales des affaires culturelles prennent en charge les travaux d'inventaires.
A partir de 2004, suite à la loi du 13 août relative aux libertés et responsabilités locales, la conduite des opérations de réalisation de l'inventaire général est progressivement transférée aux régions, l’État continuant d'assurer son contrôle scientifique et technique, et la coordination.

L'an XII de la République, le général Bonaparte, Premier Consul depuis 1799, clôture la Révolution en instaurant une monarchie impériale et héréditaire : le senatus-consulte organique du 28 brumaire (ou Constitution de l'an XII), approuvé massivement par plébiscite, lui confie le pouvoir et adapte les institutions au nouveau régime : le tribunal criminel départemental devient cour de justice criminelle, elle-même remplacée en 1810 par la cour d'assises.

Les EPE(I) ont été instaurés par le décret du 6 novembre 2007 sur la structuration juridique des services dépendant de la Protection judiciaire de la jeunesse.

La loi Perben de septembre 2002 introduit la possibilité de placer des mineurs en centres éducatifs fermés à partir de l'âge de 13 ans. Le fonctionnement des CEF a été précisé par le décret du 6 novembre 2007.

Les EPM ont été créés par la loi du 9 septembre 2002 dite loi Perben. Les premiers établissements ont été ouverts en 2007-2008 (Lyon, Valenciennes, Meaux, Toulouse, Mantes-la-Jolie, Nantes et Marseille).

Créés par la loi n° 94-43 du 18 janvier 1994, les tribunaux du contentieux de l'incapacité connaissent en première instance des litiges relevant du contentieux de l'incapacité : état d'invalidité ou d'incapacité à la suite d'accidents ou de maladies, professionnels ou non. Ils ont remplacé les commissions régionales de l'incapacité.
En 2011, ils sont au nombre de 26.

La loi du 24 octobre 1946 portant réorganisation des contentieux de la sécurité sociale et de la mutualité sociale agricole a institué une organisation du contentieux de la sécurité sociale destinée à régler les difficultés auxquelles donne lieu l'application des législations et réglementations de sécurité sociale visant les bénéficiaires, les employeurs et les organismes de sécurité sociale. Le décret du 22 décembre 1958 créé une commission nationale technique de la sécurité sociale, elle est remplacée en 1994 par la Cour nationale de l’incapacité et de la tarification de l’assurance des accidents du travail.

La Cour nationale de l’incapacité et de la tarification de l’assurance des accidents du travail a remplacé en 1994 la Commission nationale technique de la sécurité sociale dont elle a repris les attributions en matière de contentieux technique de la sécurité sociale.

L'initiative d'une refonte du Code de justice militaire revient à Louis Barthou, ministre de la Guerre en 1921, qui crée le 16 juin une commission présidée par le sénateur René Besnard. Un nouveau Code de justice militaire est adopté le 9 mars 1928. S’il convient, dans ce contexte d'après-guerre, de mettre fin aux dénis de justice et pratiques arbitraires du temps de guerre, il importe tout autant de conserver une justice spécifique pour les soldats. En effet soumis à des devoirs spéciaux inhérents au principe sacrificiel de l'armée, ces derniers ne sont pas des citoyens comme les autres.
Les dispositions votées en 1928 abolissent définitivement les conseils de guerre. Ils sont remplacés par des tribunaux militaires présidés par un magistrat civil et sont compétents pour les seules infractions militaires.
La réforme introduit un certain adoucissement des peines : la peine des travaux publics ainsi que la cérémonie humiliante de la dégradation militaire sont supprimées. En revanche, pour le temps de guerre le nouveau code ne modifie pas les dispositions suivantes : le pouvoir laissé au commandement de se prononcer sur la mise en jugement et le pourvoi en révision en cas de peine de mort.