En 1893, un institut médico-pédagogique est ouvert par le Docteur Bourneville à Vitry sur Seine. Premier établissement spécialisé pour les enfants déficients intellectuels, cette institution prend la suite des « asiles-écoles ». D’autres établissements de ce type se développent par la suite : l’annexe XXIV du décret n° 56-284 du 9 mars 1956, modifiée par l’annexe XXIV du décret n° 89-798 du 27 octobre 1989, fixe leur cadre juridique.
La dénomination « institut médico-éducatif » (IME) est utilisée pour la première fois dans un arrêté du ministre de la Santé publique et de la Sécurité sociale du 17 février 1970, pour désigner un établissement qui regroupe les compétences des instituts médico-pédagogiques, accueillant les enfants de 3 à 14 ans, et celles des instituts médico-professionnels, accueillant les adolescents de 14 ans à 20 ans. Depuis l’amendement Creton, à l’article 22 de la loi n° 89-18 du 13 janvier 1989, les IME peuvent accueillir les adultes de plus de 20 ans.
Le financement des IME est fixé par le préfet et pris en charge par l’assurance maladie. L’agrément est délivré par la direction départementale des affaires sanitaires et sociales (DDASS), puis par l’agence régionale de santé (ARS) en application de la loi n° 2009-879 du 21 juillet 2009. L’ARS délivre les autorisations de création, transformation ou extension. L'Éducation nationale gère les dépenses liées à la scolarité. La décision d’orientation est prise par la commission départementale de l’éducation spéciale, puis en application de la loi n° 2005 102 du 11 février 2005, par la commission des droits et de l’autonomie des personnes handicapées (CDAPH). Les IME prennent en charge des personnes souffrant d'un handicap mental (déficience ou troubles neuro-psychiatriques) et se tournent désormais vers la prise en charge des polyhandicapés. La personne gestionnaire d’un IME est en général une association. En 1997, on comptabilisait 1194 IME, puis 1208 en 2001 et 1229 en 2006.