La loi du 6 février 1992 relative à l'administration territoriale de la République instaure une commission départementale de la coopération intercommunale (CDCI) dans chaque département. L'objectif est de permettre une réflexion plus concertée sur le développement de la coopération intercommunale au sein des départements, notamment grâce à l'élaboration d'un schéma départemental de coopération intercommunale (SDCI).

La loi du 16 décembre 2010 de réforme des collectivités territoriales prévoit l'élaboration d'un nouveau SDCI. Elle dote la commission d'un pouvoir d'amendement au projet de SDCI et aux propositions d'évolution des EPCI présentés par le préfet. La loi, codifiée par le décret du 28 janvier 2011 puis précisée par la circulaire du 4 février modifie par ailleurs la composition de la commission. Celle-ci doit désormais inclure une plus grande proportion de représentants des EPCI.

Les premières formes d’intercommunalité datent de la fin du XIXe siècle. La création de syndicats de communes est en effet possible depuis la loi du 22 mars 1890.

Dans la deuxième moitié du XXe siècle, dans un contexte de forte croissance urbaine, le renforcement de la coopération entre communes appartenant à une même agglomération paraît nécessaire. Ainsi, les districts urbains sont institués par une ordonnance du 5 janvier 1959.

La loi du 31 décembre 1970 sur la gestion municipale et la liberté communale permet d'étendre les districts urbains aux communes rurales. On les appelle désormais "districts".

Finalement, la loi du 12 juillet 1999 relative au renforcement et à la simplification de la coopération intercommunale supprime les districts au profit de nouvelles formes d'intercommunalité. Les districts existants se transforment au choix en communauté de communes, communauté d'agglomération ou communauté urbaine, au plus tard le 1er janvier 2002.

Désignant à l'origine le conseil des anciens de la paroisse se réunissant dans le cadre du consistoire local, le conseil presbytéral est une institution ancienne du système presbytérien-synodal. La loi du 18 germinal an X (8 avril 1802) organise les consistoires locaux des églises réformées.
Il faut cependant attendre la Seconde République pour qu'une commission soit chargée de proposer des corrections aux articles organiques du Concordat jugés contraire au protestantisme. La reconnaissance du conseil presbytéral est notamment demandée. Le décret du 26 mars 1852, complété par l'arrêté du 10 septembre 1852 et par une circulaire du 14 septembre 1852, reconnaît officiellement l'existence des conseils presbytéraux comme établissements publics du culte pour les églises réformées et les églises de la confession d'Augsbourg.
La loi du 1er août 1879 modifie l'organisation des conseils presbytéraux pour l’Église de la confession d'Augsbourg.
La loi de séparation des Églises et de l’État de 1905 met fin, à dater d'un an, aux établissements publics du culte. Dans les faits, les conseils presbytéraux continuent d'exister jusqu'à nos jours.
Du fait du maintien du régime concordataire dans les départements du Bas-Rhin, Haut-Rhin et de la Moselle, les conseils presbytéraux y restent des établissements publics selon le décret de 1852. Le décret du 24 mars 1992, puis l'arrêté du 29 mai 2001, modernisent leur organisation.

Mettant en place une expérience antérieure, le décret n° 2003-581 du 27 juin 2003 relatif à la transmission d'information entre administrations dans le cadre de la lutte contre les trafics de produits dopants institue les commissions régionales de prévention et de lutte contre les trafics de produits dopants, chargées au niveau de chaque région de la coordination des différents acteurs chargés de la lutte antidopage. L'abrogation des articles créés par le décret n° 2003-581par le décret n° 2007-1133 du 24 juillet 2007 relatif aux dispositions réglementaires du code du sport prive les commissions régionales de leur base juridique et empêche la création de nouvelles commissions.
Les commissions régionales de lutte contre le trafic de substances ou méthodes dopantes sont mises en place dans chaque région et en Corse par le décret n° 2013-557 du 26 juin 2013 relatif à la coopération interministérielle et aux échanges de renseignements en matière de lutte contre le trafic de substances ou méthodes dopantes.
L'instruction n° DS/DSB2/2014/160 du 20 mai 2014 relative aux rôles et missions du conseiller interrégional antidopage (CIRAD) au sein des directions régionales de la jeunesse, des sports et de la cohésion sociale (DRJSCS) en matière de lutte contre le dopage définit les missions des conseillers interrégionaux antidopage chargés, entre autres, du suivi des commissions régionales.

Héritage médiéval, les fabriques désignent à l'origine une assemblée associant les clercs puis les laïcs chargés d'administrer les biens de la paroisse.
Le Concordat de 1801 signé par le pape et le premier consul prévoit le rétablissement des fabriques. Ces dernières sont instituées comme des établissements publics du culte chargés d'administrer les paroisses par l'article 76 de la loi du 18 Germinal an X (8 avril 1802). Il faut cependant attendre le décret du 30 décembre 1809 pour que l'organisation et la composition des fabriques soient précisées. Dans les faits, les fabriques ne se mettent en place dans les paroisses que lentement. L'impulsion décisive de création est donnée par l'ordonnance royale du 12 janvier 1825 qui exige la création de conseils de fabriques dans les paroisses n'en possédant pas et la nomination de nouveaux conseillers, lorsque ces derniers n'ont pas été renouvelés de manière régulière. Dans les petites paroisses, la distinction n'est pas toujours faite entre le conseil de fabrique et l'assemblée générale des paroissiens.
Dans le cadre de sa politique anticléricale, la Troisième République rogne certaines attributions des fabriques, leur retirant notamment le monopole des inhumations par la loi du 28 décembre 1904.
La loi de séparation des Églises et de l’État du 9 décembre 1905 abolit le régime concordataire et les établissements publics du culte, dont les fabriques, à partir du 11 décembre 1906. La loi prévoie de remplacer les conseils de fabrique par des associations cultuelles, qui ne se mettent finalement jamais en place. Ayant perdu leurs biens et leur capacité morale et juridique, les fabriques subsistent de manière officieuse sous le même nom. L'accord entre l’État et la papauté de 1924 met finalement en place les associations diocésaines.
Les fabriques subsistent encore aujourd'hui comme établissements publics du culte dans les trois départements du Bas-Rhin, Haut-Rhin et Moselle, en raison du maintien du régime concordataire lors de leur retour en France en 1918.
Le décret du 18 mars 1992 modifie ou supprime certains articles du décret de 1809.

En mai 2010, un rapport sur le contrôle des entreprises de sécurité privée est remis au ministre de l’Intérieur. Dès le mois de juillet de la même année, le ministre décide la création d’un conseil national des activités privées de sécurité et nomme, en septembre, un délégué interministériel à la sécurité privée.
Le 14 mars 2011, la loi LOPPSI 2 est votée et l’article 31 institue le Conseil national des activités privées de sécurité. Il reprend les missions des préfectures de département en matière d’autorisation et de contrôle des activités privées de sécurité. Le président de la mission de préfiguration du CNAPS est nommé le 10 mai 2011. Le 22 décembre, le décret n° 2011-1919 précise les missions et l’organisation du CNAPS.
Les commissions interrégionales d’agrément et de contrôle (CIAC) sont créées en 2011, à la suite de l’installation du CNAPS, par l’arrêté du 23 décembre 2011. Elles sont établies sur le territoire métropolitain et dans les départements d’outre-mer entre février et mars 2012, puis dans les collectivités d’outre-mer en septembre 2013 sous la forme de Commissions locales d’agrément et de contrôle (CLAC). Des délégations territoriales du CNAPS sont implantées au siège de chaque CIAC afin d’organiser les réunions des CIAC et d’exercer les missions du CNAPS sur le territoire national.
La loi n° 2014-742 du 1er juillet 2014 relative aux activités privées de protection des navires a étendu les compétences du CNAPS en le chargeant de l’encadrement de cette nouvelle activité de sécurité privée.
La loi n° 2015-994 du 17 août 2015 relative au dialogue social et à l'emploi (art. 20) ajoute une nouvelle procédure aux compétences du CNAPS : l'autorisation des prestataires de formation.
Un arrêté du 23 décembre 2015 modifie la composition territoriale des CIAC et l'adapte à la nouvelle carte des régions administratives.
Les CIAC prennent le nom de Commissions locales d'agrément et de contrôle du Conseil national des activités privées de sécurité par un arrêté du 11 octobre 2016. La CLAC de l'Ile-de-France est divisée en une zone est et une zone ouest.

Le décret n° 49-1149 du 2 août 1949 portant suppression de services et transformation d'emplois au ministère de l'intérieur crée les centres administratifs et techniques interdépartementaux (CATI) par la fusion des secrétariats administratifs pour la police avec les services régionaux du matériel de la sûreté nationale. Leur organisation est fixée par le décret n° 49-1150 du 2 août 1949.
Lors de leur organisation originelle en 1949, les CATI s'occupent :
a) De la gestion administrative et financière des personnels de la sûreté nationale, des transmissions et des services de matériel de leur ressort ;
b) De la réunion, de la mise en œuvre et de la gestion administrative des moyens matériels qui leur sont confiés.
La direction des CATI est confiée à un secrétaire général de préfecture, sous l'autorité du préfet IGAME. Les CATI comportent deux directions, une direction administrative et une direction technique.
En 1971, les secrétariats généraux pour l'administration de la police sont chargés :
a) De la gestion administrative et financière des personnels de la police nationale, à l'exclusion de leur emploi et de leur notation ;
b) De la gestion administrative et financière du matériel et des locaux de la police nationale. A ce titre, ils sont investis d'une mission permanente de contrôle de la maintenance des moyens matériels mis à la disposition des services de police.
Le ministre de l'intérieur peut en outre les charger de tout ou partie de la gestion administrative et financière des personnels du service du matériel, du service des transmissions et du service de la protection civile ainsi que de toutes questions relevant de l'administration générale.
Par le décret n°71-572 du 1 juillet 1971 relatif à la compétence et à l'organisation des secrétariats généraux pour l'administration de la police, les CATI prennent le nom de secrétariats généraux pour l'administration de la police (SGAP). Le plan de modernisation de la police nationale de 1985 renforce leurs moyens. De nouvelles compétences leur sont transférées suite aux mesures de déconcentration de 1992.
La direction des SGAP est assurée en 1971 par le préfet du département du siège du secrétariat général. Un fonctionnaire du corps préfectoral ou un administrateur civil est chargé des fonctions de secrétaire général. L'institution des préfets délégués pour la police par le décret n° 72-880 du 29 septembre 1972 place les SGAP sous leur autorité. Les secrétaires généraux des SGAP sont remplacés en 1993 par les préfets délégués pour la sécurité et la défense, créés par le décret n° 93-377.
Le décret n° 2002-916 du 30 mai 2002 réforme l'organisation territoriale et les missions des SGAP. Est institué un secrétariat général pour l'administration de la police dans chaque zone de défense, sauf pour la région parisienne divisée entre le SGAP de Paris et celui de Versailles, sous l'autorité de la préfecture de Paris. Au 1er janvier 2014 ces deux SGAP sont fusionnés.
Les secrétariats généraux pour l'administration du ministère de l'intérieur remplacent les SGAP par le décret n° 2014-296 du 6 mars 2014. Le texte entre en vigueur le 1er mai 2014, à l'exception de la zone de défense et de sécurité de Paris, qui entre en vigueur le 1er janvier 2016.

Suite à un mandat du programme ministériel de modernisation et simplification (PMMS) du ministère de l'intérieur de mai 2013, les secrétariats généraux pour l'administration du ministère de l'intérieur (SGAMI) sont créés par le décret n° 2014-296 du 6 mars 2014 en lieu et place des secrétariats généraux pour l'administration de la police (SGAP). Ils forment une extension des anciens SGAP en intégrant la gendarmerie dans leurs champs de compétence.

La Commission des droits et de l'autonomie des personnes handicapées a été créée par la loi du 11 février 2005 pour l'égalité des droits et des chances, la participation et la citoyenneté des personnes handicapées. Son fonctionnement est précisé par le décret 2005 -1589 du 19 décembre 2005.
Dans le cadre de la mission de guichet unique dévolue aux Maisons départementales des personnes handicapées (MDPH), elle remplace la Commission technique d'orientation et de reclassement professionnel (COTOREP) et la Commission départementale d'éducation spéciale (CDES), voire les Sites pour la vie autonome (SVA).

L’Agence nationale des services à la personne (ANSP) est créée par la loi du 26 juillet 2005 visant le développement des services à la personne. Ses missions et son organisation sont précisées par le décret du 14 octobre 2005 et transcrites dans l’article D. 129-16 à 129-29 du code du travail. Elle est placée sous la tutelle du ministre chargé de l'emploi. Suite à sa dissolution prononcée par décret du 2 juillet 2014, les missions de l’ANSP sont transmises au ministre chargé des services à la personne.