Désignant à l'origine le conseil des anciens de la paroisse se réunissant dans le cadre du consistoire local, le conseil presbytéral est une institution ancienne du système presbytérien-synodal. La loi du 18 germinal an X (8 avril 1802) organise les consistoires locaux des églises réformées.
Il faut cependant attendre la Seconde République pour qu'une commission soit chargée de proposer des corrections aux articles organiques du Concordat jugés contraire au protestantisme. La reconnaissance du conseil presbytéral est notamment demandée. Le décret du 26 mars 1852, complété par l'arrêté du 10 septembre 1852 et par une circulaire du 14 septembre 1852, reconnaît officiellement l'existence des conseils presbytéraux comme établissements publics du culte pour les églises réformées et les églises de la confession d'Augsbourg.
La loi du 1er août 1879 modifie l'organisation des conseils presbytéraux pour l’Église de la confession d'Augsbourg.
La loi de séparation des Églises et de l’État de 1905 met fin, à dater d'un an, aux établissements publics du culte. Dans les faits, les conseils presbytéraux continuent d'exister jusqu'à nos jours.
Du fait du maintien du régime concordataire dans les départements du Bas-Rhin, Haut-Rhin et de la Moselle, les conseils presbytéraux y restent des établissements publics selon le décret de 1852. Le décret du 24 mars 1992, puis l'arrêté du 29 mai 2001, modernisent leur organisation.

Héritage médiéval, les fabriques désignent à l'origine une assemblée associant les clercs puis les laïcs chargés d'administrer les biens de la paroisse.
Le Concordat de 1801 signé par le pape et le premier consul prévoit le rétablissement des fabriques. Ces dernières sont instituées comme des établissements publics du culte chargés d'administrer les paroisses par l'article 76 de la loi du 18 Germinal an X (8 avril 1802). Il faut cependant attendre le décret du 30 décembre 1809 pour que l'organisation et la composition des fabriques soient précisées. Dans les faits, les fabriques ne se mettent en place dans les paroisses que lentement. L'impulsion décisive de création est donnée par l'ordonnance royale du 12 janvier 1825 qui exige la création de conseils de fabriques dans les paroisses n'en possédant pas et la nomination de nouveaux conseillers, lorsque ces derniers n'ont pas été renouvelés de manière régulière. Dans les petites paroisses, la distinction n'est pas toujours faite entre le conseil de fabrique et l'assemblée générale des paroissiens.
Dans le cadre de sa politique anticléricale, la Troisième République rogne certaines attributions des fabriques, leur retirant notamment le monopole des inhumations par la loi du 28 décembre 1904.
La loi de séparation des Églises et de l’État du 9 décembre 1905 abolit le régime concordataire et les établissements publics du culte, dont les fabriques, à partir du 11 décembre 1906. La loi prévoie de remplacer les conseils de fabrique par des associations cultuelles, qui ne se mettent finalement jamais en place. Ayant perdu leurs biens et leur capacité morale et juridique, les fabriques subsistent de manière officieuse sous le même nom. L'accord entre l’État et la papauté de 1924 met finalement en place les associations diocésaines.
Les fabriques subsistent encore aujourd'hui comme établissements publics du culte dans les trois départements du Bas-Rhin, Haut-Rhin et Moselle, en raison du maintien du régime concordataire lors de leur retour en France en 1918.
Le décret du 18 mars 1992 modifie ou supprime certains articles du décret de 1809.

L’adoption de la loi du 18 janvier 1994 relative à la santé publique et à la protection sociale, modifie considérablement les modalités de la prise en charge sanitaire des détenus.
Tous les établissements pénitentiaires sont dorénavant rattachés par convention à un centre hospitalier et confient la prise en charge des aspects somatiques et psychiatriques des détenus au service public hospitalier (aussi bien pour le soin que pour la prévention). L’objectif de cette réforme est d’améliorer l’accès aux soins des personnes détenues qui doivent pouvoir prétendre à des soins équivalents à ceux proposés à la population générale.
Pour concrétiser cette ambition, des unités de consultations et de soins ambulatoires (UCSA), implantées en milieu carcéral, ont été créées dans le but de dispenser des soins aux personnes détenues ne nécessitant ni hospitalisation, ni consultation en milieu hospitalier. Dans le cas contraire, une extraction ou une hospitalisation du détenu dont l’état de santé le justifie, doit être proposée par l'UCSA. Si l’élévation de la qualité des soins destinés aux détenus est unanimement soulignée, l’augmentation du recours à l’hospitalisation constatée depuis la réforme, soulève cependant de nombreux problèmes de sécurité liés à l’organisation des extractions médicales, à la garde des détenus, et aux risques d’évasion.
C’est ce dernier aspect qui conduit, par arrêté du 24 août 2000, à la création des Unités Hospitalières Sécurisées Interrégionales (UHSI) destinées à l’accueil des personnes incarcérées, prolongement de la nouvelle organisation des soins dédiés aux détenus.

Le tribunal spécial fut instauré en zone sud par la loi du 24 avril 1941, pour juger les auteurs d’agressions nocturnes. Cette loi fut élargie le 7 août 1941 aux affaires de détention d'armes et d'explosifs puis le 31 décembre 1941 aux affaires de marché noir.

L'entrée des communistes dans la résistance armée après le 21 juin 1941 et la « vague de terrorisme » qui déferle sur l'hexagone conduit le régime à faire de l'ordre public la priorité. Après l'attentat de Fabien contre l'adjudant-chef de la Kriegsmarine Moser au métro Barbès, en plein jour le 21 août 1941, la Wehrmacht envisage de fusiller 100 otages ; le gouvernement français – pour démontrer la réalité de sa souveraineté – négocie d'exercer lui-même la répression, ce qui aboutit à la création de la section spéciale et à la condamnation à mort de 10 communistes notoires par les tribunaux français. La loi sur les sections spéciales, rédigée le 23 août, est anti-datée du 14 août 1941.
Les sections spéciales instaurées par le gouvernement de Vichy sont rattachées aux tribunaux militaires ou maritimes en zone libre. La loi du 18 novembre 1942 en dessaisit les tribunaux militaires et place les sections spéciales auprès des cours d'appel : un certain nombre d’affaires préalablement instruites par des juridictions militaires ont été reprises et jugées par les sections spéciales près les cours d’appel.
La loi du 18 novembre 1942 élargit le champ d'action des sections spéciales chargées aussi de poursuivre « la subversion sociale et nationale » ; « les crimes et délits contre la sûreté extérieure de l'État » sont désormais jugés par elles.

Créées officiellement par le décret impérial du 16 juin 1808, les maisons centrales apparaissent comme la mise en œuvre, par l'État, de la peine de privation de liberté développée par le Code pénal de 1791. Centrales à plus d'un titre, ces prisons:

• dépendent de l'administration centrale du ministère de l'intérieur,
• sont financées non pas, à l'instar des maisons d'arrêt, par les conseils généraux mais par l'État central,
• sont placées au centre d'une circonscription (à l'origine militaire).
  Si les premières maisons centrales furent établies en pays conquis (Gand et Vilvoorde) ou aux confins de régions militairement stratégiques (Embrun et l’Italie, Fontevrault et les pays chouans), leur implantation obéit bientôt à des considérations plus pénitentiaires : il s’agit alors d’ouvrir sur tout le territoire national des établissements dispersés de manière à rayonner sur trois, quatre, cinq départements - une toile d’araignée pénitentiaire.

Les maisons centrales du XIXe siècle furent d’abord et surtout des manufactures où les détenus étaient soumis à l’obligation du travail. Le système qui y régna presque exclusivement jusqu’en 1898 fut celui de l’entreprise générale. L'entrepreneur remportant le marché public se devait de fournir du travail à tous les détenus valides, faute de quoi il était tenu de leur verser une indemnité de chômage.

Placée sous l’autorité du garde des Sceaux depuis 1911, l’administration pénitentiaire est l’une des cinq directions du ministère de la Justice, elle a en charge 190 établissements, classés en deux grandes catégories : les maisons d’arrêt et les établissements pour peine. Les maisons centrales font partie des établissements pour peine, au même titre que les centres de détention, centres de semi-liberté et centres pour peines aménagées. Les détenus condamnés à une longue peine et/ou présentant des risques sont dirigés vers les maisons centrales, à vocation sécuritaire.

Les circonscriptions pénitentiaires ont longtemps été de simples divisions territoriales organisées en fonction des maisons centrales. Jusqu’en 1944, les directeurs de maisons centrales étaient directeurs des circonscriptions pénitentiaires. La loi et le décret du 31 janvier 1944 créent 18 régions pénitentiaires avec des organes administratifs autonomes. Cette nouvelle organisation est reprise par l’ordonnance du 22 novembre 1944, avec l’ajout d’une dix-neuvième circonscription (celle de Strasbourg). Le décret du 16 juillet 1948 réduit le nombre de circonscriptions aux neuf directions régionales (Paris, Bordeaux, Dijon, Lille, Lyon, Marseille, Rennes, Strasbourg, Toulouse).

Les dépôts de mendicité trouvent leur origine sous l’Ancien Régime et, plus précisément, dans la déclaration royale du 3 août 1764 et l’arrêt du Conseil d’État du 21 octobre 1767 – des actes officiels visant tous deux à l’instauration d’une maison de force dans chaque généralité du royaume, aux frais du roi et à la diligence des intendants. Les « vagabonds et gens sans aveu » sont l'objet de la déclaration de Necker du 30 juillet 1777 « concernant la destruction du vagabondage et de la mendicité », l’institution des dépôts est destinée à remettre les individus en état de gagner honnêtement leur vie. Temporairement supprimés sous la révolution, ils sont rétablis et confirmés par Napoléon. Leur création est systématisée par le décret du 5 juillet 1808, complété par le règlement du 5 octobre de la même année. Chaque département doit alors entretenir un « dépôt de mendicité » distinct des maisons de détention.

Les conseils départementaux de l'aide juridique (CDAJ) sont créés par la loi du 10 juillet 1991, leur principale mission est de déterminer et de mettre en œuvre une politique d'aide à l'accès au droit (article 54 de la loi). Par la loi du 18 décembre 1998 relative à l’accès au droit et à la résolution des conflits, les conseils départementaux de l’accès au droit (CDAD) succèdent aux CDAJ. La volonté d’instaurer une véritable politique de régulation sociale par le droit motive la création de ces conseils. L’accès au droit a pour objectif principal de permettre à chaque citoyen, quel que soit le lieu où il réside, d’être informé sur ses droits et ses obligations, d’être orienté utilement vers les organismes compétents, d’être aidé dans l’accomplissement de toute démarche d’ordre juridique et de bénéficier d’une consultation juridique adaptée ou de l’assistance d’un tiers qualifié pour la rédaction des actes.

Le Comité français de libération nationale, constitué à Alger le 3 juin 1943, doit envisager le problème délicat de l’épuration mais également l’annulation rétroactive des condamnations que les juridictions de Vichy avaient prononcées à l’encontre des résistants. Il y répond par l’ordonnance du 6 juillet 1943 en proclamant solennellement que « les citoyens ayant exposé leur liberté, leur vie et leurs biens par des actes utiles à la cause de la libération de la France méritent que la légitimité de ces actes soit affirmée et que la justice soit rendue à leurs auteurs injustement condamnés" (art.1).
En conséquence, toutes poursuite sont suspendues et les condamnations prononcées par des juridictions répressives, civiles ou militaires, sont soumises à révision si elles concernent:

• la reprise de la guerre par la France,
• des faits de prise de service ou de tentative de prise de service dans les Armées françaises ou alliée,
• des services rendus à la résistance française ou aux puissances alliées.
  L'ordonnance stipule que les dossiers seront examinés par des chambres spéciales qui devront vérifier que les faits incriminés se rapportent exclusivement aux charges définies ci-dessus et, en cas d’affirmative, prononcer l’arrêt des poursuites ou la révision.